Ο 12ος αιώνας θεωρείται ως ο χρυσός αιώνας για τη Βυζαντινή ζωγραφική στην Κύπρο αλλά και μοναδικά σε ολόκληρο τον κόσμο, γιατί αυτά που σώζονται από αυτή την περίοδο είναι περιορισμένα. Οι τοιχογραφίες που διασώζονται στον Άγιο Νικόλαο της Στέγης και ιδιαίτερα αυτές που αποκαλύφθηκαν στο Ιερό Βήμα, μετά την αφαίρεση του νεότερου στρώματος του 14ου αιώνα, παραπέμπουν στη τέχνη της Κωνσταντινούπολης.

Τα χαρακτηριστικά των τοιχογραφιών που υπάρχουν στη εκκλησία αρχίζουν από τον 11ο αιώνα. Τα χαρακτηριστικά των Αγίων είναι αδρά, με έντονη σχηματική γραμμή, περιορισμένο χρωματικό υλικό, αλλά ταυτόχρονα αναδεικνύουν τον έντονο ψυχισμό τους. Αυτές οι σκηνές είναι της Ανάληψης και της Μεταμόρφωσης. Στον δυτικό τοίχο του ναού υπάρχει η παλαιότερη παράσταση της Κοιμήσεως της Παναγίας. Δυστυχώς όμως μόνο μερικά τμήματα διασώζονται σήμερα. Ο 12ος αιώνας αντιπροσωπεύεται από τη σκηνή της Δευτέρας Παρουσίας, που βρίσκεται στο νάρθηκα του ναού και η αναπαράσταση από τα Εισόδια της Θεοτόκου που κοσμούν το νοτιοδυτικό τμήμα του ναού. Κατά τον 13ο αιώνα ένα μέρος του ναού, όπως ο νάρθηκας, ζωγραφίζεται ξανά, με τοιχογραφίες της Σταύρωσης, της Ανάστασης και των Μυροφόρων. Και τέλος τον 14ο αιώνα, η αρχική όψη της εκκλησίας αλλάζει λόγω των επεμβάσεων και των μετατροπών που πραγματοποιήθηκαν. Πολλές τοιχογραφίες καταστράφηκαν. Οι μοναδικές τοιχογραφίες που χρονολογούνται ανήκουν στο τέλος του 1633 και απεικονίζουν ολόσωμους τους Αποστόλους Πέτρο και Παύλο.