Όλες οι τοιχογραφίες του Ιερού Βήματος και του κυρίως ναού είναι του 1280, έγιναν δηλαδή αμέσως μετά την κατασκευή του ναού. Διακρίνονται για τη γραμμική τους λιτότητα, την περιορισμένη χρωματική κλίμακα και τις κακές αναλογίες των μορφών. Τα κορμιά είναι κοντόχοντρα, τα κεφάλια δυσανάλογα με τα σώματα, τα μάτια ορθάνοιχτα με τονισμένη την κόρη. Ο ζωγράφος είναι άγνωστος, η τεχνοτροπία του όμως μαρτυρά επιδράσεις από βυζαντινά πρότυπα του 12ου αι. και τη σύγχρονή του δυτική ζωγραφική.

Το εικονογραφικό πρόγραμμα εμφανίζει αρκετές πρωτοτυπίες, όπως η παράσταση του καβαλάρη στρατιωτικού Αγίου Χριστοφόρου, το επίθετο «Ο ΚΑΠΠΑΔΟΣ» στην εικόνα του καβαλάρη Αγίου Γεωργίου, τα δυο περιελιγμένα όρθια φίδια στην παράσταση του Ευαγγελισμού κ.ά. Η εικόνα των Επτά Κοιμωμένων Παίδων της Εφέσου στην ανατολική πλευρά του βορείου εξωτερικού τοίχου είναι μοναδική στην Κύπρο.

Τον Δεκέμβριο του 1985 η εκκλησία της Παναγίας του Μουτουλλά περιλήφθηκε στον κατάλογο των μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομίας της Ουνέσκο.