Alle Wandmalereien des Heiligen Altars und des Haupttempels stammen aus dem Jahr 1280, unmittelbar nach dem Bau des Tempels.  Sie zeichnen sich durch ihre lineare Schlichtheit, ihre begrenzte Farbauswahl und die schlechten Körperverhältnisse der Gestalten aus.  Die Körper sind klein und dick, die Köpfe unverhältnismäßig zu den Körpern, die Augen sind weit geöffnet und mit betonter Pupille. Der Maler ist unbekannt, sein Stil aber zeigt Einflüsse von byzantinischen Vorbildern des 12. Jahrhunderts und der zeitgenössichen Westmalerei.

Das ikonographische Programm zeigt eine Reihe von Innovationen, wie die Darstellung des militärischen Reiters Agios Christophoros,  der Nachname „ O KAPPADOS“ auf der Ikone des Reiters Agios Georgios, die zwei zusammenhängenden Schlangen bei der Darstellung der Maria Verkündigung u.a.  Die Ikone der „sieben schlafenden Kinder von Ephesos“ an der Ostseite der nördlichen Außenwand ist einzigartig in Zypern.

Im Dezember 1985 wurde die Kirche von Moutoulla auf die Liste der Denkmäler des Weltkulturerbes aufgenommen.