Auf niedrigeren Höhen dominieren die Wälder Maquis mit einer der vorherrschenden Arten des Wacholders (Juniperus phoenicea).  Er ist auf dem Gebiet von Troodos beschränkt und zwar auf Gebieten mit einer Höhe von 1000 bis zu 1950 Metern (Prodromos, Kryos Potamos, Chionistra, Almyrolivado, Kannoures u.a.).

Die Gruppe von Wacholder umfasst etwa 60 Arten mit Verbreitung hauptsächlich in den gemäßigten Regionen der nördlichen Hemisphäre.  Der Wacholder ist ein langlebiger immergrüner Baum, normalerweise 3-5 Meter hoch in Zypern, aber auch manchmal bis zu 20 Metern hoch und wird  bis zu 1500 Jahre alt. Seine Baumkrone ist am Anfang konisch und wird später rund und unregelmäßig. Seine Rinde ist gräulich und in Streifen geteilt, während sein Holz sehr hart, kompakt, duftend und beständig gegen  Insekten und Pilzen ist. Die Blüten sind monogen, die männlichen Zapfen sind klein und gelbbraun, während die weiblichen eine blau-schwarze Farbe haben. Der Baum blüht von Dezember bis Juni. Er ist überwiegen zweihäusig, das heißt in der Natur gibt es männliche und weibliche Pflanzen, während es seltener einhäusige Pflanzen, die sowohl männliche als auch weibliche Blüten tragen, gibt.